Η αρχαία θεά του έρωτα Αφροδίτη γεννήθηκε σε ένα πανέμορφο νησί του Αιγαίου. Σύμφωνα με τη Θεογονία του Ησίοδου, αναδύθηκε από τους αφρούς της θάλασσας των Κυθήρων, όταν έπεσαν σε αυτήν τα αποκομμένα από τον Κρόνο γεννητικά όργανα του πατέρα του Ουρανού. Κατ΄ αυτήν την εκδοχή του μύθου, τα κύματα παρέσυραν στη συνεχεία τη θεά η οποία έφθασε στην Πάφο της Κύπρου, όπου επίσης λατρεύτηκε ως θεά προστάτης του νησιού.
Από τα Κύθηρα φέρεται να έχει και την προσωνυμία Κυθέρεια η Αφροδίτη, η οποία λατρεύτηκε στην αρχαιότητα με τρεις μορφές: Ως Ουρανία θεά – προστάτης της αγάπης και του αγνού έρωτα, με κύριο τόπο λατρείας τα Κύθηρα, ως Πάνδημος θεά – προστάτης του σαρκικού έρωτα και της αναπαραγωγής με κύριο τόπο λατρείας την Κύπρο και, τέλος, με τη λιγότερο γνωστή μορφή ως Αποστρόφια θεά που διασφάλιζε την ηθική τάξη και προστάτευε τη σύζυγο και τα παιδιά, με κύριο τόπο λατρείας τη Θήβα.
Η ίδρυση από τα πολύ πρώιμα χρόνια ναού της θεάς στα Κύθηρα έδωσε στο νησί και τον ομηρικό χαρακτηρισμό ζάθεα, δηλαδή πανάγια.
Πάντως, σύμφωνα με τους ειδικούς στην Παλαιοντολογία, η ανάδυση της θεάς από τη θάλασσα των Κυθήρων είναι σημειολογικά μια προσπάθεια των αρχαίων να ερμηνεύσουν την ανάδυση του νησιού από τη θάλασσα. Αυτό αποδεικνύεται από τον πλούσιο αριθμό παλαιοντολογικών ευρημάτων που έχουν προέλευση τη θαλάσσια ζωή, σε εκτεταμένες περιοχές των Κυθήρων, στα Μητάτα και τα Βιαράδικα.
Ποιος πήρε το όνομά του από ποιον;
Το όνομα Κύθηρα έχει βαθιά στην ιστορία τις ρίζες του. Ο Όμηρος το αναφέρει στην Ιλιάδα, ενώ η θεά Αφροδίτη ταυτίζεται με το νησί και παίρνει το όνομα Κυθέρεια (Ακύθηρος λεγόταν ο στερούμενος θέλγητρων άνθρωπος). Και άλλοι όμως σπουδαίοι συγγραφείς της αρχαιότητας αναφέρονται στο νησί με το όνομα Κύθηρα. Ανάμεσα σε αυτούς είναι ο Ηρόδοτος, ο Αριστοτέλης (που παραδέχεται ότι το νησί λεγόταν Πορφυρούσα – λόγω της επεξεργασίας πορφύρας – αλλά στις μέρες του λεγόταν Κύθηρα) και ο Ξενοφώντας (στα Ελληνικά του χρησιμοποιεί τον όρο Κυθηρία γη).
Ωστόσο ο Ισίδωρος (γεωγράφος του 1ου μ.Χ. αιώνα) υποστήριξε μια “ανατρεπτική” άποψη, ότι δηλαδή το νησί έλαβε το όνομά του από την Κυθέρεια Αφροδίτη και όχι το αντίστροφο. Μάλιστα, μίλησε πρώτη φορά για τη σημασία του ρήματος κεύθω και τη σχέση του με τη θεά και το νησί. Κεύθω σημαίνει κρύβω, ενώ εκείνοι που κάνουν έρωτα στο νησί (στο μέρος εκείνο, δηλ. τα Κύθηρα), ανακαλύπτουν το κρυμμένο ερωτικό πάθος.
Η ονομασία του νησιού συναντάται στον πληθυντικό ίσως από την ύπαρξη και των διπλανών Αντικυθήρων.
Τα Κύθηρα είναι γνωστά και με το όνομα Τσιρίγο. Έτσι τα ονόμασαν οι Ενετοί, όταν τα κατέκτησαν.
