Στη Βιολογία ερμαφρόδιτος ονομάζεται ένας οργανισμός ο οποίος έχει γεννητικά όργανα που συνδέονται φυσιολογικά και με το θηλυκό και με το αρσενικό φύλο.
Πολλές ομάδες ζώων (κυρίως ασπόνδυλα) δεν έχουν ξεχωριστά φύλα. Σε αυτές τις ομάδες ο ερμαφροδιτισμός είναι μια φυσιολογική κατάσταση, επιτρέποντας μια μορφή αναπαραγωγής κατά την οποία οι δύο σύντροφοι μπορούν να λειτουργήσουν ως θηλυκό ή αρσενικό. Για παράδειγμα, πολλά σαλιγκάρια και γυμνοσάλιαγκες είναι ερμαφρόδιτα.
Ο ερμαφροδιτισμός απαντάται ακόμα σε ορισμένα είδη ψαριών και σε μικρότερο βαθμό σε άλλα σπονδυλωτά. Τα περισσότερα φυτά είναι επίσης ερμαφρόδιτα.
Ο Ερμαφρόδιτος της ελληνική μυθολογίας
Ο όρος ερμαφροδιτισμός προέρχεται από τον Ερμαφρόδιτο. Κατά την ελληνική μυθολογία, ο Ερμαφρόδιτος ήταν γιος του Ερμή και της Αφροδίτης. Σε ηλικία 15 ετών, ως θεϊκό παιδί, ήταν ο ομορφότερος νέος στον κόσμο. Την ανατροφή του είχαν αναλάβει οι Ναϊάδες, που κατοικούσαν στις σπηλιές του όρους Ίδητης Φρυγίας.
Μια ημέρα ο Ερμαφρόδιτος έφυγε από το βουνό για να ταξιδέψει ως την Καρία. Στον δρόμο κάθισε να ξαποστάσει σε ένα δασάκι κοντά στην Αλικαρνασσό. Εκεί κοντά έτρεχε μια γάργαρη πηγή, που σχημάτιζε και μια λιμνούλα. Ο νέος ξεδίψασε και μετά θέλησε και κάνει μπάνιο για να καθαριστεί. Τότε τον είδε η νύμφη της πηγής, η Σαλμακίδα, και αμέσως τον ερωτεύθηκε. Έτρεξε κοντά του και τον αγκάλιασε σφιχτά, όμως ο Ερμαφρόδιτος αιφνιδιάσθηκε και την απώθησε. Δεν μπόρεσε όμως τελικά να ξεφύγει από το αγκάλιασμά της και έτσι παρακάλεσε τους θεούς να τον ελευθερώσουν. Αλλά και η Σαλμακίς τους παρακάλεσε θερμά να μην την εγκαταλείψει ποτέ ο αγαπημένος της. Οι θεοί εισάκουσαν τα παρακάλια της Νύμφης και έτσι ο Ερμαφρόδιτος με τη Σαλμακίδα έμειναν για πάντα ενωμένοι σε ένα πλάσμα που είχε και τα δύο φύλα, το αρσενικό και το θηλυκό.
Ως αντάλλαγμα, ο Ερμαφρόδιτος ζήτησε άλλη χάρη από τους θεϊκούς γονείς του: όποιος στο εξής λουζόταν στη λιμνούλα αυτή να έχανε τον ανδρισμό του, πράγμα που έγινε. Ακόμα και στα χρόνια του Στράβωνα υπήρχε η πεποίθηση ότι η συγκεκριμένη λιμνούλα εξακολουθούσε να επιδρά κατ΄αυτόν τον τρόπο στους άνδρες που έμπαιναν μέσα της.
Ωστόσο, σύμφωνα με τον Διόδωρο, ο Ερμαφρόδιτος γεννήθηκε με ένα φυσικό σώμα που συνδύαζε και τα δύο φύλα.
Τον μύθο ενός πλάσματος θεϊκού με διπλή φύση οι Έλληνες τον αντέγραψαν από τη Μέση Ανατολή. Γνωστή ήταν η διπλή θεότητα Αστάρτη-Άδωνις στους Φοίνικες και η Μύλλιτα- Σάνδωνας στους Βαβυλώνιους.
Στην αρχαία Κύπρο, παράλληλα με τη λατρεία της Αφροδίτης, είχαν και τη λατρεία του Αφρόδιτου, ο οποίος στις αναπαραστάσεις του έφερε γενειάδα, φαλλό και γυναικεία ρούχα.